Приведу список и опишу стандартные пути до конфигурационных файлов cPanel & WHM:
/usr/local/apache/conf/httpd.conf (ссылка на конфигурацию apache веб-сервера)
readlink /usr/local/apache/conf/httpd.conf
/etc/apache2/conf/httpd.conf (apache веб-сервер)
/usr/local/lib/php.ini (PHP)
/opt/cpanel/ea-php56/root/etc/php.ini (PHP)
/etc/ssh/sshd_config (SSH конфигурация)
/etc/proftpd.conf (proftpd FTP сервер)
/etc/pure-ftpd.conf (pure-ftpd FTP сервер)
/var/cpanel/cpanel.config (cpanel конфигурация)
/var/cpanel/root.accts (перечень root владельцев доменов)
/etc/wwwacct.conf (файл аккаунтов)
/etc/cpupdate.conf (cPanel конфигурация обновлений)
/etc/cpbackup.conf (резервные копии)
/var/spool/cron/ (запланированные задания cron)
/etc/clamav.conf (clamav антивирус)
/etc/my.cnf (mysql баз данных)
/var/lib/pgsql/data/postgresql.conf & pg_hba.conf (postgreSQL баз данных)
/etc/exim.conf (eExim почтовый сервер)
/etc/dovecot.conf (dovecot почтовый сервер)
/etc/valiases/domainname (настройки пересылки)
/etc/vfilters/domainname (email фильтры)
/etc/userdomains (перечень всех доменов, поддоменов и их пользователей)
/etc/localdomains (перечень всех локальных доменов, поддоменов для exim с которых возможна отправка почты)
/var/cpanel/users/ (параметры пользователей cpanel)
/etc/named.conf (DNS сервер имен)
/etc/resolv.conf (сетевые настройки)
/etc/sysconfig/network (параметры сети)
/etc/hosts (host конфигурация)
/etc/nameserverips (список серверов имен (NS))
Смотрите также мою статью:
Расположение файлов логирования cPanel