По умолчанию GRUB загрузчик ставится на первый диск в системе, им обычно является жесткий диск, но на некоторых серверах с RAID контроллерами я замечал когда при включении сервера выбрать в Boot меню флешку, естественно чтобы загрузится с неё, то она и стает первым диском, то есть /dev/sda и под конец установки системы загрузчик ставится на неё.
Решение данной проблемы простое — под конец установки укажем вручную куда ставить загрузчик, жесткий диск обычно в этом случае /dev/sdb.
В Ubuntu например на вопрос «Установить системный загрузчик GRUB в главную загрузочную область?» ответим <нет> и укажем /dev/sdb.
Смотрите также мою статью:
Восстановление GRUB Linux