Перенес однажды систему на другой диск и при подключении через SSH увидел следующие ошибки:
Could not chdir to home directory /home/user: Permission denied
-bash: /home/user/.bash_profile: Отказано в доступе
Как оказалось, причиной ошибок были неверные права на директорию /home, а именно не было прав на выполнение от группы и других пользователей.
Чтобы решить проблему сначала посмотрим какие права установлены на директорию home (должны быть drwxr-xr-x):
ls -l /
ls -l /home
И установим верные:
sudo chmod +x /home
При необходимости установим права на директорию нужного пользователя:
sudo chmod 750 /home/user
sudo chown -R user:user /home/user
Все, в моем случае ошибка исчезла.