Способ 1
Поставить в начале имени файла или директории точку.
Способ 2
Создать файл .hidden, поместить в директорию в которой необходимо что-то скрыть и вписать в нем столбиком названия файлов или папок которые должны быть скрыты. Регистр букв имеет значение, то есть если имя элемента с большой буквы, то и в файле .hidden его писать так же.
Чтобы увидеть скрытые элементы через файловый менеджер Nautilus необходимо нажать комбинацию клавиш Ctrl+H либо в меню «Вид» нажать «Показать скрытые файлы».