Приведу пример на Linux Ubuntu/Debian с использованием пакета enca.
Чтобы произвести смену кодировки тестового файла допустим с CP1251 на кодировку UTF8 необходимо установить пакет enca:
sudo apt-get install enca
И конвертировать файл/файлы в кодировку локали дистрибутива (она определяется автоматически), пример:
enconv /home/user/example.txt
find /home/user/ -name "*.txt" -exec enconv {} \;
find /home/user/ -name "*.txt" |enconv
Все.