Функция shell_exec позволяет выполнять команды на сервере.
В конфиге php.ini может стоять запрет на ее выполнение. Также стоит быть аккуратным в написании php кода с ее использованием, дабы не предоставить злоумышленникам доступ к выполнению команд на сервере.
Приведу краткий пример php кода:
<?php
$result = shell_exec('uptime');
echo "<pre>$result</pre>";
?>
Теги pre позволят сохранить форматирование текста.
Аналогично выполняются и файлы, запускаемый файл должен иметь права на запуск.
Разрешаем запуск:
chmod a+x file.sh
Аналогичный php код:
<?php
$result = shell_exec('/dir/file.sh');
echo $result;
?>