connect_timeout — количество секунд, в течение которых сервер mysql ожидает пакет подключения, прежде чем прервать соединение.
Подключиться к MySQL и посмотрим текущее значение:
mysql -u USER -p show variables like "connect_timeout"; quit;
Значение connect_timeout можно указать в файле /etc/mysql/my.cnf, например:
[mysqld] connect_timeout=10
В реальном времени можно изменить выполнив SQL запрос (после перезапуска MySQL оно сбросится на стандартное или указанное в файле конфигурации):
SET GLOBAL connect_timeout=10;
Стандартное значение равно 10, минимальное — 2, максимальное 31536000.