Однажды после установки Certbot я указал не тот email адрес и в дальнейшем уведомления от Let’s Encrypt приходили не туда куда нужно.
Чтобы изменить email, достаточно выполнить команду на сервере:
certbot register --update-registration --email newemail@ixnfo.com
Смотрите также мою статью:
Установка Certbot в Ubuntu