На тесте приведу пример примитивного копирования Ubuntu Server системы в архив и восстановление на той же системе либо на чистой новой.
Создаем архив с резервной копией корня диска исключая ненужные директории и сам архив:
sudo tar cvpzf /backup.tgz --exclude=/media --exclude=/proc --exclude=/lost+found --exclude=/backup.tgz --exclude=/mnt --exclude=/sys /
Для восстановления на той же или чистой только установленной системе, проверим достаточно ли свободного пространства:
df -h
Если сервер другой с чистой системой, создадим директорию и скопируем в неё копию директории /boot с загрузчиком и файл /etc/fstab:
sudo mkdir /OLD
sudo cp -R /boot/ /OLD/
sudo cp /etc/fstab /OLD/
Находясь в директории с архивом распакуем его с сохранением прав на файлы поверх системы:
sudo tar xvpfz backup.tgz -C /
Возвращаем директорию /boot и файл fstab:
sudo cp -R /OLD/boot/ /boot/
sudo cp /OLD/fstab /etc/fstab
Убедимся что копирование прошло успешно и в файлах /boot/grub/grub.cfg и /etc/fstab указан верный UUID, посмотреть UUID разделов в текущей системе можно командой:
lsblk -o NAME,UUID
Перезагружаем систему:
sudo reboot
При таком восстановлении на другой сервер возможно придется чуть изменить конфигурацию системы, например если на новом сервере сетевые интерфейсы в других слотах и имеют иное имя и т.д.
Смотрите также мою статью:
Перенос работающей системы Ubuntu на другой диск